Ak si prajete použiť šifrovanie na vašej / partícii, musíte sa uistiť, že máte odčlenenú /boot partíciu. Možnosť zašifrovania NESMIE byť nastavená pre zavádzaciu /boot partíciu, inak váš systém nebude možné zaviesť. Tu upravíte rozloženie vášho disku (diskov). Môžete odstraňovať alebo vytvárať partície, meniť súborový systém partície, alebo meniť jej veľkosť a dokonca si prezrieť, čo je v nich, predtým ako začnete. Je tam karta pre každý nájdený pevný disk alebo iné úložné zariadenie, ako je USB kľúč. Napríklad sda, sdb a sdc, ak sú pripojené tri kusy. Stlačte Vyčistiť všetko pre zmazanie všetkých partícií na vybranom úložnom zariadení. Pre všetky ostatné akcie: kliknite najprv na požadovanú partíciu. Potom si ju prezrite, alebo si vyberte súborový systém a prípojný bod, zmeňte je veľkosť alebo ju prečistite. Pokračujte dokým ste nenastavili všetko podľa vášho priania. Kliknite na tlačidlo Hotovo, keď ste nachystaní. Ak inštalujete Mageiu na UEFI systém, skontrolujte, či ESP (EFI Systémová Partícia) je prítomná a správne pripojená na /boot/EFI (viď vyššie)